История развития института неразрывно связана с развитием экономики региона на основе эффективного использования водных и земельных ресурсов территории.
В феврале 1975 года на базе проектного подразделения Пермского филиала «Ленгипроводхоз», действующего в Прикамье с 1965 года, был создан институт «Пермгипроводхоз».
По проектам института построены объекты мелиоративного, сельскохозяйственного, транспортного, социального, промышленно-гражданского назначения и др.
За годы перестройки институт не только сохранил, но и приумножил свой опыт, выполняя проектные, научные работы и инженерные изыскания для различных министерств и ведомств.
В 2017 г. ФГУП "Пермгипроводхоз" преобразовано в ОАО "Пермгипроводхоз"
В 2013 году закончился процесс приватизации Пермгипроводхоза, государственная собственность реформировалась в частную, но правовая форма предприятия сохранилась. В 2021 г. в результате реорганизации форма собственности была изменена на Общество с ограниченной ответственностью.
В настоящее время успешная стратегия реализации проектов и развития института определила приоритетные направления деятельности:
- проектирование;
- инженерные изыскания;
- услуги в области недропользования и гидрогеологии;
- строительство сетей водоснабжения и водоотведения.